从1997年学院开设食品加工技术专业开始，随着办学规模的扩大，2002年成立食品科学与工程系，于2011年更名为食品工程技术系。多年来，食品工程技术系根据自治区食品行业对人才需求情况进行专业结构与人才培养目标的调整，遵循“以实训基地为平台，以能力培养为核心，以产学研结合为举措”的高职教育理念，建立“招生、培养、就业（创业）” 联动机制，为内蒙古自治区食品行业培养食品开发研究、食品加工技术、食品质量检验与管理的高技能应用性人才。

食品工程技术系目前共设置食品科学与工程、食品营养与检验教育、食品质量与安全3个本科专业（食品质量与安全隔年招生）和食品检验检测技术、食品智能加工技术、食品生物技术、食品营养与健康4个专科专业以及食品加工与安全硕士点1个，其中食品智能加工技术、食品检验检测技术、食品生物技术3个专业是自治区级品牌专业，形成以加工类专业为骨干、生物类专业为特色、检测类专业为支撑的专业结构体系。

食品工程技术系现有在校生1000余人，教职工41人，专任教师31人，教辅人员8人，党总支组织员1人，硕士生导师4人；硕士及以上学历教师占80%。全国食品工业职业教育教学指导委员会1人。食品加工教学团队、食品检测教学团队被评为校级优秀教学团队，获批自治区科教文卫体系职工创新工作室和包头市级创新工作室及院级创新工作室。中国食品产教融合共同体常务理事单位、内蒙古食品科学技术学会副理事长单位、内蒙古餐饮食品产教融合共同体副理事长单位、自治区老年教育试点单位、自治区工匠学院。

2019年，成立了内蒙古罕堡酿酒研究院，“内蒙古特色果酒系列产品产学研科技创新平台”获批自治区首批高职院校产学研科技创新平台建设项目，探索高职教育改革与发展规律，构建新体系，解决新问题。加入中国食品药品职业教育联盟，可共享国内食品加工技术专业教学资源库。积极开展教研、科研工作，近5年承担内蒙古自然科学基金5项、内蒙古高等学校科学研究项目13项，内蒙古自治区高校基本业务费项目2项，内蒙古关键技术攻关项目子项目1项，校企合作横向科研项目6项。发表学术论文30余篇，其中中文核心刊物10篇以上，完成新型实用专利30余项、科技成果转化1项。

食品工程技术系建成面积达7800m² 综合大楼，建成烘焙制品加工实训室、肉制品加工实训室、啤酒酿造实训室、果蔬贮藏加工实训室、农产品加工实训室、乳制品加工实训室、葡萄酒酿造车间、饮料生产车间、食品卫生检测实训室、微生物实验室等实验实训室。新建智慧教室及机房，各类教学仪器设备共计1824余万元、2600余台（套），为实践教学提供了有效保障。不断探索教育教学改革，大力推进校企合作、产教融合，与内蒙古骆驼酒业股份有限公司、内蒙古荣华梦食品有限公司、草原红牛生物科技有限公司、内蒙古蒙辉食品有限公司等多家食品公司建立了产学研合作关系，与小肥羊签订了研究生联合培养基地，逐步形成了稳定校外实训基地。

学生参加各级各类大赛成果显著，荣获全国职业技能大赛农产品质量安全检测赛项国家级个人赛项三等奖7项，团体三等奖1项，自治区级个人一等奖9项，团体二等奖1项，团体三等奖2项；荣获全国职业技术院校在校生创意西点大赛金奖1项，银奖7项、铜奖5项；近三年在“挑战杯”科技作品竞赛中获自治区一等奖1项，二等奖1项，三等奖5项，优秀奖1项，并多次获得校级及院级等奖项。

食品工程技术系至今已为自治区食品生产、质量检验、产品研发、企业管理等岗位输送了3000多名高素质技术技能型人才，我们的毕业生得到用人单位的普遍好评，近5年毕业生一次就业率均在96%以上。